Die Rolle der Kryptologie in der modernen Kriegsführung wird gemeinhin unterschätzt. So wurde der Verlauf des 2. Weltkrieges durch die Leistungen der Kryptographen und Kryptanalytiker maßgeblich beeinflußt.
Die deutsche Führung verwendete zur Übermittlung ihrer Befehle an die Einheiten die berühmte Enigma, eine von Arthur Scherbius 1923 erfundene Chiffriermaschine, die sie für absolut sicher hielten. Unter Mitwirkung von Alan Turing, dem theoretischen Erfinder des Computers, gelang es britischen Kryptanalytikern jedoch, das Chiffriersystem der Enigma zu brechen. Diese kryptologische Leistung blieb von den Deutschen bis Kriegsende unbemerkt und bedeutete die Wende im Kampf der alliierten Flotte gegen die deutschen U-Boote.
Am 20. Mai 1942 fing der amerikanische Nachrichtendienst eine extrem lange Nachricht der japanischen Führung auf. Die amerikanischen Kryptanalytiker hatten den japanischen Code schon lange geknackt und konnten so die Nachricht entschlüsseln: Es handelte sich um detailierte Operationsbefehle für den Angriff auf einen amerikanischen Stützpunkt. Die Lage des Stützpunktes war mit AF angegeben - offensichtlich handelte es sich um einen gesonderten Code für geographische Angaben. Der Chef-Kryptologe J.J. Rochefort glaubte aufgrund der wenigen Informationen, die er über diesen gesonderten Code hatte, daß es sich bei AF um die Midway-Inseln handelte. Der amerikanischen Führung war diese Vermutung jedoch zu wage - von der Gewißheit über die genaue Bedeutung von AF konnte der weitere Verlauf des Krieges abhängen. Um diese Gewißheit zu erlangen, erdachte sich Rochefort eine List: Er wies die Kommandatur der Midway-Inseln (verschlüsselt) an, einen unverschlüsselten Funkspruch über die angebliche Zerstörung des Trinkwasserdestillators zu senden. Zwei Tage später wurde ein japanischer Funkspruch mit dem Wortlaut ,,Auf AF wird das Wasser knapp`` aufgefangen. Die vernichtende Niederlage der japanischen Flotte bei dem Angriff auf Midway war der Wendepunkt des Pazifik-Krieges.
Daß man sebst mit guten Kryptologen nicht immer vor Überraschungen sicher ist, zeigt das Beispiel des japanischen Überfalls auf Pearl Harbor. Am Morgen des 7. Dezember 1941 entschlüsselten amerikanische Kryptanalytiker einen Funkspruch der japanischen Regierung an ihre Botschaft in Washington. Dieser wies den Botschafter an, um 13 Uhr Washingtoner Zeit die diplomatischen Beziehungen zu den Vereinigten Staaten abzubrechen. Es dauerte jedoch mehrere Stunden, bis ein Mitarbeiter des Nachrichtendienstes den Sinn dieser Anweisung richtig interpretierte. Die Streitkräfte auf Pearl Harbor konnten nicht mehr rechtzeitig gewarnt werden.